ביקורת תפעולית היא בחינה של אופן הפעולה של ארגון, במטרה להצביע על שיפורים שיגבירו את יעילותו ויעילותו. סוג זה של ביקורת שונה באופן מהותי מביקורת רגילה, כאשר המטרה היא לבחון את נאותות הפיקוח ולהעריך את הגינות הצגת הדוחות הכספיים.
ביקורת תפעולית מבוצעת בדרך כלל על ידי צוות הביקורת הפנימית, אם כי ניתן לשכור מומחים לביצוע ביקורות בתחומי התמחותם. המשתמשים העיקריים בהמלצות הביקורת הם צוות ההנהלה, ובמיוחד מנהלי אותם תחומים שנבדקו.
