מערכת בקרות אינה מספקת ביטחון מוחלט לכך שיעדי הבקרה של ארגון יושגו. במקום זאת, יש כמה מגבלות טבועות בכל מערכת שמפחיתה את רמת הביטחון. מגבלות טבועות אלה הן כדלקמן:
שיתוף פעולה . שניים או יותר אנשים שנועדו על ידי מערכת שליטה לשמור על זה בזה יכולים במקום זאת לעקוף את המערכת.
טעות אנוש . אדם המעורב במערכת בקרה יכול פשוט לטעות, אולי לשכוח להשתמש בצעד בקרה. לחלופין, האדם אינו מבין כיצד יש להשתמש במערכת בקרה, או אינו מבין את ההוראות הקשורות למערכת. זה יכול להיגרם על ידי הקצאת האדם הלא נכון למשימה.
עקיפת ניהול . מישהו בצוות הניהול שיש לו סמכות לעשות זאת יכול לעקוף כל היבט של מערכת בקרה לטובתו האישית.
חסר הפרדת חובות . יתכן שתוכננה מערכת בקרה עם הפרדת חובות לא מספקת, כך שאדם אחד יכול להפריע לפעולה התקינה.
כתוצאה מכך, יש לקבל כי שום מערכת בקרה פנימית אינה מושלמת. תמיד יש דרך שהיא יכולה להיכשל או לעקוף אותה.
