חשבונאות קרנות היא מערכת חשבונאות המשמשת גופים ללא כוונת רווח למעקב אחר כמות המזומנים שהוקצו למטרות שונות והשימוש במזומן זה. הכוונה של חשבונאות קרנות היא לא לעקוב אחר הישות שהניבה רווח, מכיוון שזו אינה מטרתה של מלכ"ר. לפיכך, המיקוד של חשבונאות הקרנות הוא באחריות, ולא ברווחיות.
מלכ"ר רשאי להשתמש במספר קרנות, שכל אחת מהן מוגדרת עם מערך חשבונות נפרד ומאזן, כך שהמשתמשים יוכלו לקבוע את מידת השימוש במזומן למטרתו המיועדת. לדוגמא, לממשלת עירייה עשויים להיות כספים נפרדים לתיקוני רחוב, משטרה, טיפול בשפכים ובתי ספר.
הכספים נועדו להגביל את השימושים בהם ניתן להשתמש בתזרים מזומנים מסוים. לדוגמא, אם גן חיות מקבל תרומות המיועדות אך ורק לתערוכות של בעלי חיים, הרי שהמזומנים נרשמים בקרן עבור מיצגים של בעלי חיים, ולא ניתן לבזבז אותם על פעילויות אחרות, כגון תחזוקה כללית. על ידי נקיטת גישה זו, לארגון יש שליטה טובה יותר על השימושים בהם משתמשים בתזרים מזומנים. כמו כן, ניתן להשוות את התוצאות התפעוליות של תוכנית להוצאות המגיעות מקרן קשורה, כך שתומכי עמותה יוכלו להעריך עד כמה הישות עומדת ביעדיה.
ניתן לקבוע תקציב נפרד לכל קרן. על ידי כך, מנהל עמותה יכול לעקוב אחר סכום ההוצאות מול גובה המימון הזמין ולנהל את רמת ההוצאות כך שהשירותים הניתנים באמצעות קרן מתבצעים לאורך כל שנת התקציב מבלי לעורר גירעון בסך כספים זמינים.
דוגמאות לסוגי הגופים העשויים להשתמש בחשבונאות קרנות הם:
יסודות אמנותיים
ארגוני צדקה
כנסיות
מכללות ואוניברסיטאות
ממשלות
בתי חולים