מאגר עלויות הוא קיבוץ של עלויות אינדיבידואליות, בדרך כלל לפי מחלקה או מרכז שירות. הקצאת עלויות נעשית לאחר מכן ממאגר העלויות. לדוגמא, עלות מחלקת התחזוקה נצברת במאגר עלויות ואז מוקצה לאותם מחלקות המשתמשות בשירותיה.
בדרך כלל משתמשים במאגרי עלות להקצאת תקורה של מפעל ליחידות ייצור, כנדרש במספר מסגרות חשבונאיות. הם משמשים גם בתמחור מבוסס פעילות להקצאת עלויות לפעילויות. עסק שרוצה להקצות עלויות ברמה מעודנת ביותר עשוי לבחור לעשות זאת באמצעות מספר מאגרי עלות.