הנהלת חשבונות בין-חברתיים היא מכלול נהלים המשמשים חברת אם בכדי לבטל עסקאות המתרחשות בין חברות הבת שלה. לדוגמא, אם חברת בת אחת מכרה סחורה לחברה בת אחרת, לא מדובר בעסקת מכר תקפה מנקודת מבטה של חברת האם, מכיוון שהעסקה התרחשה באופן פנימי. כתוצאה מכך, יש להסיר את המכירה מהספרים בשלב הכנת הדוחות הכספיים המאוחדים של חברת האם, כך שהיא לא תופיע בדוחות הכספיים.
ניתן לסמן עסקאות בין חברות במערכת החשבונאות של הארגון בנקודת ההתחלה, כך שניתן יהיה לגבות אותן אוטומטית בעת עריכת הדוחות הכספיים המאוחדים. אם אין תוכנת סימון בתוכנה, יש לזהות את העסקאות באופן ידני, הנתון לדרגת שגיאה גבוהה. המקרה האחרון שכיח ביותר בארגון קטן יותר שהשתמש במערכת הנהלת חשבונות פחות עשירה בתכונות, וכעת הוא מגלה כי אין לה את התכונות הדרושות לסימון עסקאות הדרושות לצורך התחשבות בחברות הבנות שלה.
חשבונאות בין חברות יכולה להיות אחד מצווארי הבקבוק המרכזיים בתהליך סגירת הספרים עבור חברת אם, ולכן צריך להיות מוקד תשומת הלב של ההנהלה כדי למצוא דרכים לייעל את התהליך.
