ישנם כמה חסרונות בשימוש בתקצוב בתוך עסק, שהם כדלקמן:
זמן נדרש . זה יכול להיות זמן רב מאוד ליצור תקציב, במיוחד בסביבה מסודרת בצורה גרועה, שבה ייתכן שיידרשו איטרציות רבות של התקציב. זמן המעורבות נמוך יותר אם קיים הליך תקצוב מתוכנן היטב, העובדים רגילים לתהליך והחברה משתמשת בתוכנת תקצוב. דרישת הזמן יכולה להיות גדולה באופן יוצא דופן אם קיים תהליך תקצוב משתתף, מכיוון שמערכת זו כוללת מספר רב של עובדים.
משחק את המערכת . מנהל מנוסה עשוי לנסות להכניס רפיון תקציבי, הכרוך בהפחתת אומדני הכנסות בכוונה והגדלת אומדני הוצאות, כך שיוכל להשיג בקלות שינויים נוחים לעומת התקציב. זו יכולה להיות בעיה רצינית, ודורשת פיקוח ניכר כדי לזהות ולהעלים.
האשמה בתוצאות . אם מחלקה לא משיגה את תוצאותיה המתוקצבות, מנהל המחלקה עשוי להאשים מחלקות אחרות המספקות לה שירותים בכך שלא תמכו במידה מספקת במחלקה שלו.
הקצאות הוצאות . התקציב עשוי לקבוע כי סכומים מסוימים של עלויות תקורה יוקצו למחלקות שונות, ומנהלי המחלקות הללו עשויים לנקוט בשיטות ההקצאה הנהוגות.
לבזבז אותו או לאבד אותו . אם מותר למחלקה הוצאות מסוימות ולא נראה שהמחלקה תוציא את כל הכספים במהלך תקופת התקציב, רשאי מנהל המחלקה לאשר הוצאות מוגזמות ברגע האחרון, בטענה שתקציבו יופחת. בתקופה הבאה אלא אם כן הוא מוציא את כל המותר בתקציב הנוכחי.
שוקל רק תוצאות פיננסיות . התקציבים עוסקים בעיקר בהקצאת מזומנים לפעילויות ספציפיות, ובתוצאה הצפויה של עסקאות עסקיות - הם אינם עוסקים בסוגיות סובייקטיביות יותר, כמו איכות המוצרים והשירותים הניתנים ללקוחות. היא גם אינה כוללת סקירה כלשהי של הסיכונים אליהם נתון העסק. ניתן לציין נושאים אחרים אלה כחלק מהתקציב, אך בדרך כלל הדבר אינו נעשה.
נוקשות אסטרטגית . כאשר חברה יוצרת תקציב שנתי, צוות ההנהלה הבכיר עשוי להחליט כי מוקד הארגון לשנה הבאה יהיה כולו עמידה ביעדים המפורטים בתקציב. זו יכולה להיות בעיה אם השוק עובר לכיוון אחר מתישהו במהלך שנת התקציב. במקרה זה, החברה צריכה לעבור יחד עם השוק, ולא לעמוד בתקציב.
