מחיקת מלאי כרוכה בהסרת העלות של פריטי מלאי ללא ערך מרשומות החשבונאות. יש למחוק מלאי כאשר הוא מתיישן או שמחירו בשוק ירד לרמה נמוכה מהעלות בה הוא נרשם כרגע ברשומות החשבונאיות. הסכום שיירשם צריך להיות ההפרש בין הערך (העלות) בספרים של המלאי לכמות המזומנים שהעסק יכול להשיג על ידי סילוק המלאי בצורה האופטימלית ביותר.
גישה חלופית כאשר טרם זוהו פריטי מלאי ספציפיים היא הקמת עתודה למחיקת מלאי. זהו חשבון קונטרה המשויך לחשבון המלאי. כאשר נפטרים בפועל, ההפסד מחויב בחשבון העתודה. התוצאה של גישה זו היא זיהוי מהיר יותר של מחיקות מלאי, שהיא שיטת חשבונאות שמרנית יותר. הסכום הנקוב בחשבון הקונטרה הוא אומדן למחיקות אפשריות, לרוב על סמך אחוזי המחיקה ההיסטוריים שחוותה החברה.
החשבונאות למחיקת המלאי היא בדרך כלל הפחתה בחשבון המלאי, שקוזז בחיוב בעלות חשבון הנמכרים. אם ההנהלה רוצה לעקוב בנפרד אחר כמות מחיקות המלאי לאורך זמן, מקובל לחייב את הסכום בחשבון מחיקת מלאי נפרדת, ולא בעלות הסחורה שנמכרה. במקרה האחרון, החשבון עדיין מגולגל לסעיף עלות הסחורות שנמכרו בדוח רווח והפסד, ולכן אין הבדל בשתי הגישות ברמה המצרפית.
לא מקובל למחוק מלאי במועד עתידי, לאחר שתהיה מודע לפריט כזה, וגם לא תוכל לפזר את ההוצאה למספר תקופות. פעולה זו מרמזת כי ישנו תועלת עתידית כלשהי לפריט המלאי, אשר ככל הנראה אינו המקרה. במקום זאת, יש להכיר בבת אחת את כל סכום המחיקה.
נקודת מפתח היא כי מחיקת מלאי אינה אומרת שאתה בהכרח צריך להשליך את המלאי בו זמנית. במקום זאת, אולי הגיוני להחזיק במלאי, בתקווה שערכו יעלה עם הזמן. יתכן שיהיה צורך להחזיק מלאי לזמן קצר, בעוד שהצוות הרוכש מוצא את המחיר הגבוה ביותר בו ניתן להיפטר ממנו. עם זאת, אסור לשמור על מלאי שנמחק זמן רב מדי, אם התוצאה היא השקעה נוספת באחסון מלאי, או שטח מחסן עמוס מדי המפריע לפעילות אחסון רגילה.
