הפרדת התפקידים היא הקצאת צעדים שונים בתהליך לאנשים שונים. הכוונה מאחורי פעולה זו היא ביטול מקרים בהם מישהו יכול לעסוק בגניבה או בפעילות הונאה אחרת על ידי שליטה מוגזמת בתהליך. למעשה, יש לפצל את שלושת הפונקציות הכלליות הבאות בתהליך בין אנשים שונים:
משמורת פיזית על נכס
שמירת רשומות עבור הנכס
אישור לרכוש או להיפטר מהנכס
להלן מספר דוגמאות להפרדת התפקידים:
האדם שמקבל סחורה מהספקים במחסן אינו יכול לחתום על צ'קים כדי לשלם לספקים עבור אותם סחורות.
האדם שמנהל רישומי מלאי אינו מחזיק פיזית במלאי.
מי שמוכר נכס קבוע לצד שלישי אינו יכול לרשום את המכירה או לקחת משמורת על התשלום מהצד השלישי.
הפרדת התפקידים היא מרכיב חיוני במערכת בקרה. רואי החשבון יחפשו הפרדת חובות כחלק מניתוח מערכת הבקרה הפנימית של ישות, וישדרגו את שיקול הדעת שלהם לגבי המערכת אם יהיו כשלים בהפרדה. כשיש כשלים בהפרדה, רואי החשבון מבקרים שיש סיכון מורחב להונאה, ויתאימו את נהליהם בהתאם.
הפרדת התפקידים קשה יותר להשיג בארגון קטן יותר, בו ישנם מעט מדי אנשים להעביר משימות ביעילות לאנשים שונים. נושא נוסף עם הפרדה הוא כי העברת משימות בקרב יותר מדי אנשים גורמת לזרם התהליך להיות פחות יעיל. כאשר רוצים יעילות גבוהה יותר, הפיזור הרגיל הוא שליטה חלשה יותר מכיוון שהפרדת החובות צומצמה.
הפרדת התפקידים מכונה גם הפרדת חובות.