ישנם מספר בעיות קשות הקשורות לתקצוב, הכוללות ביצוע משחקים, זמן מוגזם הנדרש ליצירת תקציבים ואי דיוק תקציבי. בפירוט רב יותר, הבעיות בתקצוב כוללות את הדברים הבאים:
חוֹסֶר דִיוּק. תקציב מבוסס על מכלול של הנחות שבדרך כלל אינן רחוקות מדי מתנאי ההפעלה שבהם הוא גובש. אם הסביבה העסקית תשתנה במידה ניכרת, הכנסות החברה או מבנה העלויות עשויים להשתנות באופן כה קיצוני, עד שהתוצאות בפועל יעלו במהירות מהציפיות שתוארו בתקציב. מצב זה מהווה בעיה מסוימת כאשר ישנה שפל כלכלי פתאומי, מכיוון שהתקציב מתיר רמה מסוימת של הוצאה שאינה ניתנת עוד לתמיכה תחת רמת הכנסות מופחתת לפתע. אלא אם כן ההנהלה תפעל במהירות על מנת לעקוף את התקציב, המנהלים ימשיכו להוציא במסגרת ההסמכות התקציביות המקוריות שלהם, ובכך לקרע כל אפשרות להרוויח רווח.תנאים אחרים העלולים לגרום לתוצאות להשתנות פתאום מהציפיות המתוקצבות כוללות שינויים בריביות, בשערי מטבע ובמחירי הסחורות.
קבלת החלטות נוקשה . תהליך התקצוב ממקד רק את תשומת ליבו של צוות ההנהלה באסטרטגיה בתקופת גיבוש התקציב בסמוך לתום שנת הכספים. בשאר ימות השנה, אין התחייבות פרוצדוראלית לבקר מחדש באסטרטגיה. לפיכך, אם חל שינוי מהותי בשוק מיד לאחר השלמת התקציב, אין מערכת הקיימת סקירה רשמית של המצב וביצוע שינויים, ובכך מציבה חברה בעמדת נחיתות למתחרותיה הזריזות יותר.
זמן נדרש . זה יכול להיות זמן רב מאוד ליצור תקציב, במיוחד בסביבה מסודרת בצורה גרועה, שבה ייתכן שיידרשו איטרציות רבות של התקציב. זמן המעורבות נמוך יותר אם קיים הליך תקצוב מתוכנן היטב, העובדים רגילים לתהליך והחברה משתמשת בתוכנת תקצוב. העבודה הנדרשת יכולה להיות נרחבת יותר אם תנאי העסקים משתנים כל הזמן, מה שמצריך חזרות חוזרות של מודל התקציב.
משחק את המערכת . מנהל מנוסה עשוי לנסות להכניס רפיון תקציבי, הכרוך בהפחתת אומדני הכנסות בכוונה והגדלת אומדני הוצאות, כך שיוכל להשיג בקלות שינויים נוחים לעומת התקציב. זו יכולה להיות בעיה רצינית, ודורשת פיקוח ניכר כדי לזהות ולהעלים. יתר על כן, כל מי שמשתמש במשחק מעודד למעשה לעסוק בהתנהגות לא אתית, דבר שעלול להוביל לקשיים נוספים הקשורים להונאה.
האשמה בתוצאות . אם מחלקה לא משיגה את תוצאותיה המתוקצבות, רשאי מנהל המחלקה להאשים כל מחלקות אחרות המספקות לה שירותים בכך שלא תמכו במידה מספקת במחלקה שלו.
הקצאות הוצאות . התקציב עשוי לקבוע כי סכומים מסוימים של עלויות תקורה יוקצו למחלקות שונות, ומנהלי המחלקות הללו עשויים לנקוט בשיטות ההקצאה הנהוגות. זו בעיה מסוימת כאשר מחלקות אינן מורשות להחליף שירותים הניתנים מתוך החברה בשירותים בעלות נמוכה יותר הזמינים במקום אחר.
השתמש בו או תאבד אותו . אם מותר למחלקה הוצאות מסוימות ולא נראה שהמחלקה תוציא את כל הכספים במהלך תקופת התקציב, רשאי מנהל המחלקה לאשר הוצאות מוגזמות ברגע האחרון, בטענה שתקציבו יופחת. בתקופה הבאה אלא אם כן הוא מוציא את כל הסכומים המורשים. לפיכך, תקציב נוטה לגרום למנהלים להאמין שהם זכאים לסכום מימון מסוים מדי שנה, ללא קשר לצורך שלהם בפועל בכספים.
שוקל רק תוצאות פיננסיות . אופי התקציב הוא מספרי, ולכן הוא נוטה למקד את תשומת לב ההנהלה בהיבטים הכמותיים של עסק; זה בדרך כלל פירושו התמקדות מכוונת בשיפור או בשמירה על רווחיות. במציאות, ללקוחות לא אכפת מהרווחים של עסק - הם יקנו רק מהחברה כל עוד הם מקבלים שירות טוב ומוצרים בנויים היטב במחיר הוגן. למרבה הצער, די קשה לבנות את המושגים הללו לתקציב, מכיוון שהם איכותיים. לפיכך, תפיסת התקצוב אינה בהכרח תומכת בצרכי הלקוחות.
הבעיות שצוינו כאן נפוצות מאוד וקשה להתגבר עליהן.
