ישנם הבדלים מרובים בין הביקורת הפנימית לפונקציות הביקורת החיצונית, להלן:
מבקרים פנימיים הם עובדי החברה, ואילו מבקרים חיצוניים עובדים בחברת ביקורת חיצונית.
מבקרים פנימיים נשכרים על ידי החברה, ואילו רואי חשבון חיצוניים ממונים על ידי הצבעה של בעל מניות.
מבקרים פנימיים אינם חייבים להיות רואי חשבון, ואילו רו"ח חייב לכוון את פעילותם של רואי החשבון.
מבקרים פנימיים אחראים להנהלה, ואילו מבקרים חיצוניים אחראים כלפי בעלי המניות.
מבקרים פנימיים יכולים לפרסם את ממצאיהם בכל סוג של פורמט דוחות, בעוד שמבקרים חיצוניים חייבים להשתמש בפורמטים ספציפיים לצורך חוות דעת הביקורת ומכתבי הניהול שלהם.
דוחות ביקורת פנימית משמשים את ההנהלה, ואילו דוחות ביקורת חיצוניים משמשים את בעלי העניין, כמו משקיעים, נושים ומלווים.
ניתן להשתמש במבקרים פנימיים כדי לספק ייעוץ וסיוע אחר בייעוץ לעובדים, בעוד שמבקרים חיצוניים מוגבלים לתמוך בלקוח ביקורת יותר מדי.
מבקרים פנימיים יבדקו נושאים הקשורים לנהלים עסקיים ולסיכונים של החברה, ואילו מבקרים חיצוניים בוחנים את הרישומים הכספיים ומוציאים חוות דעת בנוגע לדוחות הכספיים של החברה.
ביקורת פנימית מתבצעת לאורך השנה, ואילו מבקרים חיצוניים עורכים ביקורת שנתית אחת. אם לקוח נמצא בבעלות ציבורית, מבקרים חיצוניים יספקו גם שירותי ביקורת שלוש פעמים בשנה.
בקיצור, שתי הפונקציות חולקות מילה אחת בשמותיהן, אך אחרת הן שונות למדי. לארגונים גדולים יותר יש בדרך כלל את שתי התפקידים, ובכך להבטיח כי הרשומות, התהליכים והדוחות הכספיים שלהם נבחנים מקרוב במרווחי זמן קבועים.
