הליכים אלטרנטיביים הם מבחני ביקורת נוספים המשמשים כאשר לא ניתן לבצע את מערך הליכי הביקורת המתוכנן המקורי או להוכיח שהם אינם יעילים. לדוגמא, מבקר שולח אישורי קבלה ללקוחות הלקוח, אך יש תגובות כה מעטות עד כי על המבקר להשתמש בהליכים חלופיים, כמו למשל להשוות בין תקבולים מזומנים הבאים ליתרות החוב בסוף השנה. באופן דומה, מבקר אינו יכול להשתתף בספירת המלאי הפיזי של לקוח בסוף השנה, ולכן הוא מחליט להשתמש בהליך חלופי, המתחקה אחר מכירות מוצרים מוגמרים לאחר מכן אל רישומי המלאי בסוף השנה.
לאחר ביצוע הליכים חלופיים, על המבקר לקבוע האם נאספו ראיות ביקורת נוספות מספיקות. אם לא, יש לבצע הליכים חלופיים נוספים. לאחר סיום כל מבחני הביקורת, על המבקר לתעד אותם בניירות העבודה של הביקורת.
