הערכת בקרה פנימית כוללת בחינה של יעילות מערכת הבקרה הפנימית של הארגון. על ידי עיסוק בהערכה זו, יכול מבקר לקבוע את היקף המבחנים האחרים שיש לבצע על מנת להגיע לחוות דעת בדבר הוגנות הדוחות הכספיים של הישות. מערכת בקרה פנימית חזקה מפחיתה את הסיכון לפעילות הונאה, שממתנת את הצורך בהליכי ביקורת נוספים. הבדיקה מתרכזת בנושאים כמו:
הפרדת התפקידים
בדיקות ואיזונים
שמירה על רשומות
רמת ההכשרה וכשירות העובדים
האפקטיביות של פונקציית הביקורת הפנימית של הישות
השלבים הכרוכים בתהליך הערכה זה כוללים את הפעולות הבאות:
קבע את היקף וסוגי הבקרות המשמשים את הלקוח.
קבע על אילו מהבקרות הללו המבקר מתכוון להסתמך.
בהתבסס על שני השלבים הראשונים, קבע אילו הליכי ביקורת יש להרחיב או להקטין.
המלץ ללקוח כיצד לשפר את מערכת הבקרות הפנימיות שלו.
האחרון מהשלבים הקודמים מועיל לשיפור סביבת הבקרה של המבקר בביקורת בשנה שלאחר מכן.